Флора

В субнивальной зоне Самсарского  хребта учтено 62 вида растений, среди которых 3 вида относятся к локальным видам, а 14 видов относится к эндемике Кавказа, остальные виды растений широко распространены в Южном Закавказье и Малой Азии.

Джавахети регион, которому нехарактерно обилие лесов. Искусственно высаженные сосновые массивы и фрагменты естественно растущих лесов представлены редколесьем. Один из самых значимых для Грузии субальпийских лесов расположен в районе озера  Карцахи на турецко-грузинской границе. Здесь распространены рябина колхидская, гусеничник и заросли кустов шиповника и малины.

На Джавахетском плато болота Карцахи и Сулда в основном  возникли в результате заболачивания участков бугристой местности. Такого рода болота представляют собой самую широко распространенную формацию в болотистых экологических системах, с доминирующей здесь острой осокой. Бугристая поверхность этих мест изобилует высоким травянистым покровом, который представлен разновидностями осоки.

В 2004 году на озере Карцахи и в его окрестностях, в прилежащих горных степях и степных равнинах был обнаружен описанный в грузинской флоре представитель семейства розоцветных - Dasiphora fruticosa, который в Грузии больше нигде не встречается.

Местные виды

В описанной болотистой экологической системе широко представлены местные виды растений. Из 15 видов растений 12 видов относится к эндемике Кавказа, а 3 вида - к эндемике Грузии.

На Джавахетских охраняемых территориях часто встречаются локальные, местные виды, которые насчитывают до 19 разновидностей. Среди них следует отметить джавахетский козелец, Achillea sedelmeyeriana  Sosn.,  Delphinium thamarae  Kem. - Nath.,Heracleum wilhelmsii  Fisch. & Ave - Lall. , Tragopogon ketzkhovelii  Kuthatheladze, Tragopogon makaschvilii  Kuthatheladze, Tragopogon meskheticus  Kuthatheladze и другие.                 

Фауна

Джавахети характеризуется особой привлекательностью. Здесь есть прекрасные пастбища, отличающиеся растительным многообразием, нагорье вулканического происхождения и неповторимые по своей красоте озера.

Озера Мадатафа, Ханчали и Карцахи являются средой обитания для водоплавающих птиц.

В прежние времена эти озера были полны местными видами рыбы (озерной форелью), но разведение других видов рыб (карася, европейской ряпушки, сазана и других) в этих озерах повлекло за собой изменение местного вида и уменьшение их популяции. На сегодняшний день в этих озерах обитает до 12 видов рыб.

Эти озера всегда были и остаются средой обитания диких водоплавающих птиц. На Карцахском озере описано 59 видов представителей птиц, из которых 20 видов относится к водоплавающим. На Карцахском болоте обитает 21 известных видов птиц, из них 6 видов водоплавающих. На болоте Сулда были описаны 15 видов птиц из которых 8 относится к водоплавающим.

Здесь можно встретить множество белых аистов, которые гнездятся прямо на электрических столбах и на крышах домов деревень. На озерах Мадатафа и Карцахи можно наблюдать за журавлями и кудрявыми пеликанами. Здесь же можно встретит огромные колонии армянских чаек. На побережье озер Джавахети и в местных болотистых местах очень много бекасов, дупелей, ходулочников и других. На болотах гнездятся хищные птицы, обитатели болот - луни и полевые канюки. Они самые распространенные хищные птицы, широко представленные на Джавахетском нагорье.

Вместе с тем, Джавахетское нагорье  является одной из основных трасс миграции перелетных птиц. В Джавахети очень много гнездящихся здесь водоплавающих птиц, значительная часть из которых остается в этих местах и в суровое зимнее время, перебираясь с замерзших озер на реки. В зависимости от времени года, а особенно осенью эти места наполняются разнообразными водными или болотными хищными представителями пернатых.

В полях Джавахети водятся перепелки и коростель, а на озерах тысячами лысухи, гоголи, дикие гуси, красные и дикие, ширококлювы и хохлатые утки, чирки- трескунки, серые утки и красноголовые нырки.

Уникальность озера Ханчали состоит в том, что вода здесь очень низкая. Глубина озера всего 80 сантиметров и диким птицам достаточно легко добывать себе пропитание со дна. По сравнению с другими озерами Джавахети в виду мелкого дна это озеро самое теплое и для водных птиц является самым благоприятным местом обитания и отдыха. В начале девяностых годах местные власти осушили часть озера под пастбища. Это была настоящая экологическая катастрофа, в результате которой множество тысяч диких птиц больше никогда не возвращалось к местам своего гнездовья. Эта проблема не получила разрешения до настоящего времени.

В горной части Джавахети обитает до 40 видов млекопитающих. Из них 10 видов хищников и 2 вида копытных. Оба вида копытных, также как и рысь и медведи, редко встречаются на оголенной местности.  

Широко распространены: перевязка или перегузна (Vormela peregusna, глобально уязвимый вид), выдра  (Lutra lutra), европейский заяц (Lepus europaeus), барсук (Meles meles), лиса (Vulpes vuples) и волки (Canis lupus).

Зайцы, лисы и волки водятся во всей горной местности Джавахети, а перевязка или перегузна встречается только в приграничной зоне, в окрестностях озера Мадатафа. Огромное количество мелких грызунов, сурков и полевых мышей являются прекрасной пищей для них.  

В восьмидесятые годы в окрестностях озера Ханчали было выпущено несколько семей ондатры. Животные быстро освоили местность и размножились, достигнув практически всех водоемов Джавахети. Ущерб нанесенный ондатрами экологической системе этого региона не изучен по сегодняшний день. 

Виды, внесенные в "Красный список"/"Красный перечень" /"Красную книгу" Грузии

 Из редких и находящихся на грани исчезновения видов следует отметить 2 вида птиц, вошедших в "Красный список"/"Красный перечень"/"Красную книгу" IUCN, 6 видов, входящих в "Красный список"/"Красный перечень"/"Красную книгу" Грузии, и 12 видов в соглашение об афро-азиатских перелетных птиц, 1 вид млекопитающих  в "Красный список"/"Красный перечень"/"Красную книгу" IUCN и в "Красный список"/"Красный перечень"/"Красную книгу" Грузии.

  Из них стоит особо выделить: серого хомячка (Cricetulus migratorius) и хомяка Брандта  (Mesocricetus brandti), выдру (Lutus lutus) и другие.

Местные виды

Шесть видов млекопитающих (в основном грызуны) являются представителями эндемики Кавказа, это: слепак горский или Нерига (Nannospalax nehringi), хомяк Брандта  (Mesocricetus brandti), дагестанская полевка (Terricola daghestanicus), полевка Назарова (Terricola nasarovi),  кутора кавказская (Neomys teres), кавказская бурозубка (Sorex satunini Ognev) и другие.