Охраняемые территории Кинтриши расположены между Черноморскими и и Аджария- Имеретинской горными системами. Горы служат своеобразным щитом для влажного воздуха, создавая на территории Кинтриши повышенной влажности климат, который, в свою очередь, является определяющим фактором, представленного здесь уникальногоразнообразия флористики.

Прекраснейшие ландшафты охраняемых территорий Кинтриши представлены горными рельефами, притягательными ущельями реки Кинтриши, небольшими долинами и испещренными узкими ущельямитерриториями.

Местная флора и фауна представлена разнообразием эндемики Грузии, Кавказа и локальной Аджарской эндемики, а также реликтовыми видами.

Флора

Приблизительно 80 % охраняемых территорий Кинтришипокрыты лесом. Следует отметить, что среди всех охраняемых территорий Грузии это самая большая покрытая лесом площадь.
Леса Кинтриши характеризуются разнообразием Аджарской эндемики.

Подлесок представлен вечнозелеными кустарниковыми и папоротниковыми Колхидского типа.
Особый интерес ботаников на территории Кинтриши заслуживают вечнозеленые рододендроны – понтийский рододендрон, кавказский рододендрон, кустарники вакциниума или черники или как его еще называют ягодника, лавровишни и рододендрона желтого. Эти кустарники растут в горах, под березами и понтийскими дубами, при альпийских и субальпийских границах.

Дендрофлора охраняемых территорий насчитывает до 102 видов растений. Здесь распространены 46 видов деревьев, 4 вида кустарниковых и 8 видов лиан. Прекрасное зрелище создается зарослями буковых деревьев, окружающих озеро Тбикели. Самую большую площадь занимают буковые леса, сравнительно меньшая площадь занята каштановыми лесами, и еще меньшую площадь занимают леса из граба, дуба, сосны и ели, липы, орешника, ольховника, заросли полыни горькой, лавровишни понтийского и кавказского рододендрона. Примечательно, что на охраняемой территории можно встретить несколько экземпляров тиса ягодного, возраст которых превышает 1000 лет. Покрытые мхом валуны вместе с тысячелетними зарослями самшитасоздают неповторимый пейзаж, растущие по берегу реки, ведущей к живописному водопаду.

К реликтовым и растениям местной эндемики относятся: понтийский дуб, береза Медведева, унгернийский рододендрон, понтийский рододендрон, тис ягодный, Колхидская клекачка, иглица понтийская, кавказская хурма, каштан обыкновенный.

Фауна

На охраняемых территориях Кинтриши из представителей хищников обитает бурый медведь, популяция которого здесь является достаточно стабильной. Здесь редко можно встретит волка или рысь.
Из копытных в местных лесах обитают косули, а на сеже альпийских и субальпийских границ встречаются горные козлы.

Из малых млекопитающих местными обитателями являются крот, ласка, кавказская ()или персидская белка, заяц, лиса, барсук, камышовый кот. Не слишком хорошо изучена в заповеднике популяция выдр, хотя в прежние времена в ущелье неоднократно встречалось это животное.

Реки и заводи изобилуют форелью. В нижнем протоке реки Кинтриши можно встретить шамаю и сазана. Лосося, поднимающегося на нерест из вод Черного моря можно встретить редко.
Из амфибий здесь распространены: кавказская саламандра, малоазиатский тритон, кавказская жаба, квакша, малоазиатских и озерных лягушек. На охраняемых территориях Кинтриши встречаются три вида ящериц и несколько видов змей: обыкновенный и водный уж, медянка обыкновенная и кавказская гадюка.

Местная орнитофауна достаточно богата хищными представителями. На территории Кинтриши описаны орлы, канюк, ястреб, сокол, чеглок и пустельга обыкновенная. Из ночных хищников здесь встречаются филин, совки и сова. Из других пернатых здесь гнездятся удоды, дятлы, вороны, дрозды, иволги и другие.
Что касается насекомых, то информация о них очень мала, однако по последней информации здесь были выявлены представители семейства жесткокрылых и полужесткокрылых.

Животные местной эндемики

На охраняемых территориях Кинтриши встречаются 28 видов местных представителей мелких млекопитающих, среди которых: европейский еж,кавказская белка, серая крыса и несколько видов летучих мышей

Из насекомых следует отметить

полужесткокрылых представителей Кавказской эндемики - Cicindeladesertorum, апредставители семейства жесткокрылыхпредставителей Кавказской эндемики - Carabusarmeniacussubincatenatus, CarabusroseriFaldermann, CarabusseptemcarinatusMotschulsky, и относящихся к эндемике Грузии - Carabusibericuschaudoirianus, при этом подвидом Аджарской эндемики является - Carabuspushkinikintrishensis.

Здесь распространены следующие виды, внесенные в «Красный перечень» Грузии: форель, кавказская саламандра, кавказский тетерев и кавказский улар, орел – могильник, сокол, малоазиатский тритон. Особого внимания заслуживает каспийский улар, который является одним из видов пернатых, имеющим значительный консервационный статус.