Биологическое разнообразие Бацара - Бабанеурских охраняемых территорий отличается наличием здесь уникальной флоры. Здесь описаны 733 вида высших растений - папоротниковидных 41, голосеменных 1 и цветковых 691 (однодольных 134 вида и двухдольных 557 видов).

Бацарский заповедник известен уникальными видами тиса, а Бабанеурский заповедник - распространенными здесь зарослями дзельквы. Экологические системы Бацары и Бабанеури представляют собой важное консервационное место естественного происхождения, охватывающие большие площади, представляющие редкий образец мировой экологической системы.

28,2 % площади Бабанаурского государственного заповедника занимают заросли дзельквы, 8% заняты лесами из грузинского дуба, грабовые леса занимают 43,4%, буковыми лесами покрыто 12,8%. Остальные 7,8% заняты поймовыми лесами и кустарниковыми зарослями. Богатая растительным покровом экологическая система Бацара - Бабанеурских охраняемых территорий является областью обитания множества птиц и животных. На этих территориях отмечается большое разнообразие хищных животных и птиц.

Флора

Растительность в Бацара - Бабанеурских охраняемых территориях представлена разнообразием видов. В лесных массивах в основном встречается бук, каштан, граб, ольха, грузинский дуб, вяз и клен, ясень, липа (липа опушёенностолбиковая), ягодный тис, дзельква, лапина/крылорешник, пойменный дуб и другие виды.

В Бацарском государственном заповеднике 68% занимают буковые леса, 12,1% занято грабовыми лесами, каштаном занято 4,6%, леса с доминирующим в них тисом (тисом ягодным) занимают 7,8%. Пойменными лесами и кустарниковыми зарослями покрыто в общей сложности 9,1% всей площади заповедника. Из кустарниковых в заповеднике встречаются граб восточный, лещина (или орешник), красный и черный боярышник, сидзина (или кизильник) и другие разновидности.

Кроме живописной экологической системы тиса (ягодного тиса) в Бацарском заповеднике имеются девственные буковые и ольховые леса. У истока реки Бацара можно увидеть красивейшие заросли высокогорного явора. Реликтовым представителем дендрофлоры кавказско-иранского происхождения третичного периода - дзельквой покрыто 750 гектаров заповедника. А Илтойское ущелье характеризуется хорошо сохранившимися буковыми лесами.
Основными видами лесов заповедника являются граб, клен, липа, грузинский дуб и некоторые другие виды деревьев.

Подлесье представлено следующими видами: кизилом, лещиной (или орешником обыкновенным) красным боярышником и жимолостью кавказской.

Растения из "Красного списка/перечня" Грузии

На охраняемой Бацара - Бабанеурской территории распространены 9 видов растений из "Красного списка/перечня" Грузии: самшит колхидский (Buxus colchica Pojark), каштан (Castanea sativa Mil), орех грецкий (Juglans regia L), лапина (или крылорешник) (Pterocarya pterocarpa (Michx) Kunth), пойменный дуб (Quercus pedunculiflora C. Kock), вяз шершавый (Ulmus glabra Huds), вяз обыкновенный (Ulmus minor Mill), дзельква (Zelkova carpinifolia Pall) и тис ягодный (Taxus baccata L).

Местные и реликтовые представители

На охраняемых Бацара - Бабанеурских территориях достойны внимания реликтовые представители дендрофлоры кавказско-иранского происхождения третичного периода - заросли тиса ягодного (Taxus baccata) и дзельквы (Zelcova caprinifolia). В общей сложности выявлено 83 вида местных растений, из них два вида папоротниковидных, а остальные цветковые. (Здесь можно встретить такие растения, как плющ Пастухова (Hedera pastuchowii), кавказский лютик (Ranunculus caucasicum), крупку щетинистую (Draba hispida).

Фауна

На Бацарской и Илтойской охраняемой территории распространены средние и мелкие млекопитающие: косули, серны, кабаны, бурые медведи, волки, рысь, шакалы, лисы, барсуки, скалистая куница, дикие коты и другие. В прошедшие годы в Илтойском заказнике появилось несколько экземпляров оленей. Здесь также встречаются кавказская белка и бурозубка Радде (Sorex raddei).

На охраняемой территории было зафиксировано до 60 видов представителей орнитофауны. Из учтенных представителей фауны коренными обитателями Бацара - Бабанеурского заповедника и Илтойского заказника являются вяхирь, деряба, дрозд, ворон, корольковый вьюрок, несколько разновидностей дятловых и еще множество видов маленьких птиц.

Следует отметить наличие на охраняемых территориях множества хищных птиц. Здесь встречаются бородач (или ягнятник), гриф (или сип), черный гриф или бурый гриф, обыкновенная пустельга, ястреб, сокол, горный орел.

Из амфибий здесь можно встретить 7 видов, в том числе: колдхидскую жабу, обыкновенную квакшу, зеленую жабу, малоазиатскую лягушку и других.

Пресмыкающиеся здесь насчитываются до 14 видов. Среди них: три местных вида ящериц- кавказская ящерица, луговая ящерица и артвинская, здесь также можно встретить средиземноморскую черепаху. Из других представителей пресмыкающихся следует отметить кавказскую гадюку. А в реках Бацара и Илто, как и в ее притоках водится форель.

Из видов "Красного перечня/списка" Грузии

Из редких и находящихся на грани исчезновения видов Бацара - Бабанеурский заповедник представлен кавказской белкой, бурым медведем, выдрой
(Lutra lutra), рысью и другими видами.

К редким представителям фауны, обитающих на этих территориях относятся виды глобальной важности: горный орел (Aqula crysaetos), обыкновенный стервятник (Neophron perncopterus), черный или бурый гриф (Aegypius monachus), гриф или сип (Gyps fulvus), мохноногий сыч (Aegolius funereus), и черный аист (Ciconia nigra).

Местные обитатели

В Бацара - Бабанеурском заповеднике распространены 11 видов мелких млекопитающих, принадлежащих к кавказской эндемике, из которых особенного внимания заслуживают: бурозубка Радде (Sorex raddei), черная крыса (Rattus rattus), подковонос Мегели (Rhinolophus mehelyi), малая вечерница (Nyctalus leisleri) и другие. Из пресмыкающихся к местным обитателям относится 5 видов: средиземноморская черепаха (Testudo greaca), луговая ящерица (Darevskia praticola), болотная черепаха (Emys orbicularis), полосатая ящерица (Lacerta strigata) и гадюка Динника (Vipera Dinikii).

Из птиц следует отметить кавказского кавказскую пеночку (Phylloscopus lorenzii).