До формирования Агентства охраняемых территорий данная структура претерпела множество этапов развития.

До 1951 года в Грузии при Совете Министров Грузинской ССР существовало Управление по заповедникам.

В 1952 году при Совете Министров Грузинской ССР было создано  Управление по делам охотничьего хозяйства, которое в 1953 году, в связи с объединением министерств, вошло в состав Министерства сельского хозяйства и заготовок.  

В 1954-1957 годы было создано Управление охотничьих хозяйств и заповедников, которое находилось в ведомстве Министерства сельского хозяйства и заготовок Грузинской ССР.

В период с 1957 по 1965 годы при Совете Министров Грузинской ССР существовало Главное управление заповедников, лесного и охотничьего хозяйств, которое  продолжало функционировать в период с 1967 года по 1975 год, в статусе Главного управления охотничьих хозяйств и заповедников при Совете Министров Грузинской ССР.

В 1975-1980 годы Управление управления охотничьих хозяйств и заповедников входит в состав Министерства лесного хозяйства Грузинской ССР, которое функционирует в статусе Главного управления с 1980 года по 1992 год.

В период с 1992 по 1997 годы ведомство осуществляет свою деятельность в качестве Главного управления охотничьих хозяйств и заповедников Республики Грузия.

В период с 1997 года по 2004 год ведомство формируется в Государственный Департамент охраняемых территорий, заповедников и охотничьих хозяйств. 

С 2004 года было создано Государственное подведомственное учреждение Министерства по охране окружающей среды и природных ресурсов - Департамент по охраняемым территориям.

С 1 февраля 2008 года создается и начинает функционировать Юридическое Лицо Публичного Права (ЮЛПП) Агентство охраняемых территорий.