Сферу деятельности Агентства представляет управление государственными заповедниками, национальными парками, памятников природы, заказников, охраняемых ландшафтов, биосферных резерватов, зон всемирного наследия и имеющих международное значение систем территорий повышенной влажности.

Среди целей Агентства - улучшение системы управления охраняемых территорий, обеспечение функционирования территориальных администраций и контроль над соблюдением установленных законодательством правил, планировка, создание и развитие новых охраняемых территорий.

 В основные цели Агентства охраняемых территорий входит:

• Долгосрочная гарантированная защита  биогеографических единиц Грузии для обеспечения беспрерывного развития естественных процессов;
• Защита и восстановление естественных экологических систем, ландшафтов и живых организмов;  
• Защита генофонда диких животных и растений Грузии, находящихся на грани исчезновения, внесенных в "Красную книгу" и сохранение биологического многообразия;
• Сохранение уникальных и редчайших органических или неорганических природных образований;
• Защита территорий, попавших в зону активного влияния эрозий, селей, наводнений,  лавин, оползней, а также ареалов формирования, протока и разгрузки наземных и подземных вод от антропогенного воздействия;
• Сохранение и реабилитация историко-культурных ландшафтов, пейзажей, характерных для археологических комплексов и памятников грузинского зодчества;  
• Создание соответствующих полевых условий на территориях объектов, имеющих неоценимое и вечное  значение в образовательных и научных исследованиях и поисках;
• Обеспечение благоприятных условий для рекреации, охраны здоровья и туризма в естественной и историко-культурной среде;
• Содействие в защите, реабилитации и развитии традиционной хозяйственной деятельности в целях сохранения самобытной историко-культурной среде;
• Стимулирование экономичной хозяйственной деятельности территорий сельскохозяйственного, промышленного, транспортного и энергетического назначения, а также природных ресурсов.