Большая территория парка покрыта хвойным и лиственным лесом. Ботаники называют Алгетский национальный парк "Узлом флористики" - здесь представлено 1,664 вида растений. В парке в изобилии водятся крупные млекопитающие и является ареалом миграции нескольких видов животных.

Флора

В Алгетском Национальном парке 6044 гектара покрыто лесом. Значительная часть Алгетского заповедника (23%) занята хвойным лесом, который представлен мощным эндифкатором G видов: восточной елью, кавказской елью и кавказской сосной. Ель и сосна являются реликтовыми видами, поэтому забота и охрана этих видов очень важна для сохранения кавказской флоры. Они растут на территории парка на высоте 1100-1850 метров над уровнем моря.

В Алгетском Национальном парке представлено 1664 вида растений: 80 видов деревьев, 74 вида кустарников, более 800 видов растительности, 156 видов лечебных трав, 43 ядовитых, 24 вида огородных, 69 декоративных и 3 вида, представляющих эндемику Кавказа и Грузии. Парк характеризуется фитоценозным многообразием ельника, сосновых боров, буковыми и дубовыми чащами. Кавказская сосна ягодный тис представлен отдельными/единичными экземплярами. В скалистых окрестностях небольшие площади покрыты зарослями рододендрона кавказского, Алгетское ущелье представляет собой восточную границу распространения этого растения.

Флора в парке представлена особенным многообразием. Здесь можно встретить представителей колхидской, гирканской, иберийской, иранской, конечно же кавказской и переднеазиатской флоры. С третичного периода сохранились кавказская сосна, восточный бук, кавказский жасмин, калина, дикая черешня и другие растения мезофилической флоры Колхиды и восточного побережья средиземноморья Из гирканской флоры здесь встречается гирканский клен, а из переднеазиатских - крымская сосна, астрагал и другие.

Лесные экологические системы Алгетского национального парка имеют важное водорегулирующее и почвозащитное значение.

Здесь распространены 514 видов грибов (183 микромицетов, 331 макромицетов), 184 вида лишайниковых растений, 304 вида водных растений и 150 видов мха.

7 видов микобионтов (Arrhenia retiruga, Dacrymyces palmatus, Echinoderma aspera, Peziza petersii,Pulcherricum caeruleum , Russula pectinatoides, Thelephora penicillata), 3 вида лишайных (Flavopunctelia flaventior, Hypotrachyna revolute , H. sinuosa.) 5 видов водных растений (Cocconeis fluviatilis, Cymbella helvetica, Gomphonema intricatum, Gyrosigma spencerii, Hantzshia amphioxys) являются совершенно новыми для природы Грузии.

Растения из "Красного перечня/списка" Грузии

В заповеднике распространены редкие и находящиеся га грани исчезновения деревья и растения: грузинский фундук, высокогорный дуб, кавказский астрагал, ягодный тис, вяз

К местным видам относятся

В парке произрастает лишь 3 вида местных растений.

Фауна

Из крупных хищных млекопитающих в национальном парке можно встретить бурого медведя и волка, реже - рысь, лесную куницу, соню - полчка, белку, зайца, лису, кабана. Косули постоянные обитатели этих лесов. На территории парка обитают несколько видов амфибий и ящериц. Из змей постоянными обитателями Алгети являются медянка, уж обыкновенный, водный уж, степная гадюка и кавказская гадюка.

В Алгетском ущелье насчитывается более 60 видов пернатых, среди которых: ястреб, сокол, канюк, полевой лунь, сова, широкорот, удод, черный дятел, ласточка, дрозд, сойка, синица, крапивник, корольковый вьюрок и другие. В ущелье был зафиксирован довольно редкий могильник.

В национальном парке распространены: 4 типа, 8 классов, 22 ряда, 134 семейства, 567 родов и 1013 видов беспозвоночных животных, среди которых 14 видов земляных червей и 131 вид насекомых.

Здесь распространено 52 вида вредных насекомых

Виды из "Красного перечня/списка" Грузии

В Алгетском Национальном парке представлены следующие представители животных и птиц, входящих в "Красный перечень/список" Грузии: бурый медведь (Ursus arctos), кавказская белка (Sciurus anomalis), кавказский тетерев (Tetrao mlokosiewiczi), могильник (Aquila heliaca) и другие.

Реликтовые и местные виды

В парке водится 27 местных видов мелких млекопитающих: карликовый нетопырь (Pipistrellus pipistrellus), обыкновенный соня-полчок (Myoxus glis), слепыш Неринга (Nannospalax nehringi), снеговая полёвка (Chionomys nivalis), полевка обыкновенная (Microtus arvalis), малоазийская мышь (Sylvaemus mystacinus) и другие. Из беспозвоночных животных выявлено три кавказских местных вида: 2 вида семейства (Tipulidae) и один вид семейства (Bibioniodae).