Боржоми - Харагаульский Национальный парк расположен в центре экологической области Кавказа. В виду биологического многообразия и уязвимости данный экологический регион включен Всемирным фондом по защите окружающей среды в 35 приоритетных экологических регионов и список 34 горячих точек международной консервации. Охраняемые территории Боржоми - Харагаульского Национального парка расположены на границе горячих точек Кавказа и Анатолии. Из 56 приоритетных ареалов плана по консервации Кавказских экологических регионов одну из важнейших частей (под номером №27) составляют охраняемые территории Грузии.

Территория парка богата и разнообразна реликтовыми, местными, уязвимыми видами редчайших представителей флоры и фауны. На территории парка распространено и учтено 64 вида млекопитающих, из которых 11 представителей относятся к кавказской эндемике, а 8 видов - вошедшие в "Красный список " Грузии. На этой территории можно встретить 217 видов перелетных и обитающих здесь птиц, из которых 13 видов внесены в "Красный список" Грузии.

Флора

Многообразие растительного покрова Боржоми - Харагаульского Национального парка обусловлено ботанико-географическим (на границе Колхиды, Центрального Кавказа, Малой Азии и Передней Азии) местоположением. Более 75% территории парка покрыто смешанными нетронутыми лесами. Здесь распространены уникальные фрагменты реликтовых колхидских лесов. На охраняемых территориях сосредоточены чистые массивы еловых, сосновых и хвойных боров. Эти участки лесов расположены в пределах 1400-1800 метров над уровнем моря. В нижнем поясе из широколистных преобладают грузинский дуб и граб, в верхнем поясе - бук, часто встречается внесенный в "Красный список" Грузии каштан. Древесные виды в различных поясах и местах обитания создают многообразные комбинации. Встречаются и смешанные леса: елово-сосновые, сосново-пихтовые, елово-пихтовые, грабово-буковые, каштаново-буковые и другие. В этом поясе распространен ясень (Fraxinus excelsior), рябина глоговина (Sorbus torminalis), клен полевой (Acer laetum, A. campestre), реже гирканский клен (A. hyrcanum) и даже субальпийская береза.. Субтропическое подлесье лесов территории в большом количестве включает в себя типичные для колхидского ландшафта вечнозеленые растения: рододендрон понтийский, багульник, рододендрон индийский, лавровишню, падуб/остролист, колхидский плющ и другие.

Приблизительно четвертая часть парка занята субальпийскими и альпийскими лугами семенных трав и растений, однако достаточно большую часть площадей территории занимают заросли колхидского и понтийского рододендрона. Количество растений, распространенных на территории Боржоми - Харагаульского Национального парка превышает 1,200 разновидностей.

Из деревьев и растений, внесенных в "Красный список" Грузии, кроме каштана, здесь встречаются, хмелеграб/незнайка (Ostrya carpinifolia), клекачка колхидская (Staphy­lea colchica), восточный дуб (Quercus macranthera) и голый берест или ильм (Ulmus glabra).

Из реликтовых видов следует отметить: крушину имеретинскую, ягодный тис, понтийский и кавказский рододендроны, лавровишню, кавказскую сосну, падуб, колхидский плющ и другие.

Из представителей кавказской эндемики: восточную ель, кавказскую сосну и кавказскую пихту.

Фауна

Боржоми - Харагаульский Национальный парк отличается разнообразием фауны. На территории парка распространено и учтено 64 вида млекопитающих, из которых 11 представителей относятся к кавказской эндемике, а 8 видов - вошедшие в "Красный список " Грузии. Из представленных на данной территории видов особо следует отметить: благородного оленя, серну, косулю, бурого медведя, волка, рысь. В лесах охраняемых территорий Боржоми - Харагаульского парка обитают кабаны, косули, лесной кот. В Боржоми - Харагаульском парке описано более 20 видов летучих мышей.

На этой территории можно встретить 217 видов перелетных и обитающих здесь птиц, из которых 13 видов внесены в "Красный список" Грузии. Среди важных местных обитателей территории парка можно встретить тетерева (Tetrao mlokosieviewiczi) и каспийского улара (Tetraogalus caucasica).

Во влажных лесах охраняемых территорий водится до 30 видов рептилий, из которых три вида относится к западно-кавказской эндемике, а два вида внесены в "Красный список" Грузии.

В горных речках сохранилась многочисленная популяция речной форели (Salmo fario trutta).

Из внесенных в "Красный список" Грузии редких и находящихся на грани исчезновения видов на охраняемых территориях сохранились такие представители и подвиды крупных млекопитающих, как кавказский благородный олень, бурый медведь, рысь, кавказская серна, европейская широкоушка, гигантская вечерница, кавказская белка и другие виды. Из птиц следует отметить: орланов, черных (или бурых) грифов, беркутов, канюков, курганников, каспийских уларов, кавказских тетеревов и других представителей фауны.

Из представителей местной эндемики: кавказская саламандра, кавказская жаба (Pelodytes), аджарская ящерица, кавказская гадюка и другие.