ბორჯომ-ხარაგაულის ეროვნული პარკი კავკასიის ეკორეგიონის ცენტრში მდებარეობს. ბიომრავალფეროვნების და მოწყლვადობის გამო ეკორეგიონი ჩართულია მსოფლიო ბუნების დაცვის ფონდის 35 პრიორიტეტულ ეკორეგიონსა და საერთაშორისო კონსერვაციის 34 ცხელი წერტილის ნუსხაში. ბორჯომ-ხარაგაულის დაცული ტერიტორიები კავკასიისა და ანატოლიის ცხელი წერტილების ზღვარზეა განლაგებული. კავკასიის ეკორეგიონის კონსერვაციის გეგმის 56 პრიორიტეტული არეალიდან ერთ-ერთ (№27-ე) მნიშვნელოვან ნაწილს საქართველოს დაცული ტერიტორიები შეადგენენ.

პარკის ტერიტორია მდიდარია რელიქტური, ენდემური, იშვიათი ფლორისა და ფაუნის მოწყვლადი სახეობებით. ტერიტორიაზე 64 სახეობის ძუძუმწოვარია აღრიცხული, რომელთაგან 11 კავკასიის ენდემია, ხოლო 8 სახეობა - საქართველოს "წითელ ნუსხაშია" შესული. ამ ტერიტორიაზე 217 სახეობის გადამფრენი და მობინადრე ფრინველი გვხვდება, მათგან 13 სახეობა საქართველოს „წითელ ნუსხას" განეკუთვნება.

ფლორა

ბორჯომ-ხარაგაულის ეროვნული პარკის მცენარეული საფარის მრავალფეროვნება განპირობებულია განსხვავებული ბოტანიკურ-გეოგრაფიული (კოლხური, ცენტრალური კავკასიური, მცირეაზიურისა და წინააზიურის საზღვარზე) მდებარეობით. პარკის ტერიტორიის 75 % შერეული ხელუხლებელი ტყეებით არის დაფარული. აქ გავრცელებულია უნიკალური, რელიქტური კოლხური ტყეების ფრაგმენტები. დაცულ ტერიტორიაზე წმინდა ნაძვნარის, სოჭნარის და ფიჭვნარის მასივებია თავმოყრილი. ტყის ეს მონაკვეთები ზღვის დონიდან 1400-1800 მ-ის ფარგლებშია გავრცელებული. ფართოფოთლოვანებიდან ქვედა სარტყელში ქართული მუხა და რცხილა ჭარბობს, ზედა სარტყელში – წიფელი; ხშირია საქართველოს „წითელ ნუსხაში" შეტანილი წაბლი. მერქნიანი სახეობები სხვადასხვა სარტყლებსა და ჰაბიტატებში მრავალგვარ კომბინაციებს ქმნიან. გვხვდება შერეული ტყეებიც: ნაძვნარ-სოჭნარი, ფიჭვნარ-ნაძვნარი, წიფლნარ-რცხილნარი, წაბლნარ-წიფლნარი და სხვ. ამ სარტყელში გავრცელებულია იფანი (Fraxinus excelsior), ცირცელი (Sorbus torminalis), ნეკერჩხალი (Acer laetum, A. campestre), იშვიათად ჰირკანული ნეკერჩხალი (A. hyrcanum) და სუბალპური ტანბრეცილი არყნარიც. პარკის ტყეების სუბტროპიკული ქვეტყე მრავლად შეიცავს ტიპური კოლხური ლანდშაფტისათვის დამახასიათებელ მარადმწვანე მცენარეებს: შქერი, იელი, წყავი, ჭყორი, ასევე კოლხური სურო და სხვ.

პარკის დაახლოებით მეოთხედი სუბალპურ და ალპურ მარცვლოვან-ნაირბალახოვან მდელოებს უკავია, ხოლო საკმაოდ დიდ ფართობებზე გავრცელებულია კავკასიური როდოდენდრონის რაყებს-დეკიანს.
ბორჯომ-ხარაგაულის ეროვნულ პარკში გავრცელებულ მცენარეთა სახეობა 1,200-ს აღემატება.

საქართველოს „წითელ ნუსხა“-ში შეტანილ ხემცენარეთა სახეობებიდან, წაბლის გარდა, გვხვდება უხრავი (Ostrya carpinifolia), ჯონჯოლი (Staphy­lea colchica), აღმოსავლური მუხა (Quercus macranthera) და შიშველი თელადუმა (Ulmus glabra).

რელიქტური სახეობებიდან აღსანიშნავია

იმერული ხეჭრელი, უთხოვარი, პონტოური, კავკასიური დეკა, წყავი, ბაძგი, კოლხური სურო და სხვ.

კავკასიის ენდემური სახეობები

 აღმოსავლური ნაძვი, კავკასიური სოჭი და კავკასიური ფიჭვი.

ფაუნა

ბორჯომ-ხარაგაულის ეროვნული პარკი გამოირჩევა მრავალფეროვანი ფაუნით. აქ 64 სახეობის ძუძუმწოვარია აღრიცხული, საიდანაც 11 კავკასიის ენდემია, ხოლო 8 სახეობა საქართველოს „წითელს ნუსხაშია“ შესული. აქ წარმოდგენილი ცხოველთა სამყაროს ძირითადი სახეობებიდან აღსანიშნავია: კეთილშობილი ირემი, არჩვი, შველი, მურა დათვი, მგელი, ფოცხვერი. ბორჯომ-ხარაგაულის დაცული ტერიტორიების ტყეში ასევე ბინადრობს: გარეული ღორი, შველი, მგელი, ტყის კატა. ბორჯომ-ხარაგაულის ეროვნულ პარკში აღრიცხულია ღამურების 20 სახეობა.

პარკში 217 სახეობის გადამფრენი და მობუდარი ფრინველი გვხვდება, მათგან 13 სახეობა საქართველოს „წითელს ნუსხაშია" შეტანილი. პარკის ტერიტორიაზე მნიშვნელოვანი ჰაბიტატებია როჭო (Tetrao mlokosieviewiczi) და კასპიური შურთხი (Tetraogalus caucasica).

დაცული ტერიტორიის ტენიან ტყეებში რეპტილიების 30 სახეობა ბინადრობს, რომელთაგან 3 - დასავლეთ კავკასიის ენდემია და 2 სახეობა საქართველოს „წითელ ნუსხაშია “შეტანილი.

მთის მდინარეებში შენარჩუნებულია მდინარის კალმახის (Salmo fario trutta) მრავალრიცხოვანი პოპულაცია.

საქართველოს „წითელ ნუსხაში" შეტანილი იშვიათი და გადაშენების წინაშე მყოფი, სახეობებიდან დაცულ ტერიტორიებზე შენარჩუნებულია მსხვილი ძუძუმწოვრების ისეთი სახეობები და ქვესახეობები, როგორიცაა: კავკასიური კეთილშობილი ირემი, მურა დათვი, ფოცხვერი, კავკასიური არჩვი, ევროპული მაჩქათელა, გიგანტური მეღამურა, კავკასიური ციყვი, და სხვ. ფრინველებიდან კი: თეთრკუდა არწივი, სვავი, მთის არწივი, ქორცქვიტა, ველის კაკაჩა, კასპიური შურთხი, კავკასიური როჭო და სხვ.

ენდემური სახეობები

 კავკასიური სალამანდრა, კავკასიური ჯვარულა, აჭარული ხვლიკი, კავკასიური გველგესლა და სხვ.