სსიპ დაცული ტერიტორიების სააგენტოს საქმიანობის სფეროს წარმოადგენს სახელმწიფო ნაკრძალების, ეროვნული პარკების, ბუნების ძეგლების, აღკვეთილების, დაცული ლანდშაფტების, ბიოსფერული რეზერვატების, მსოფლიო მემკვიდრეობის უბნებისა და საერთაშორისო მნიშვნელობის მქონე ჭარბტენიანი ტერიტორიების სისტემის მართვა.

სსიპ დაცული ტერიტორიების სააგენტოს მართვას დაქვემდებარებულია 24 ტერიტორიული ადმინისტრაცია. მათ შორის, 2023 წელს შექმნილი ერუშეთის ეროვნული პარკის ადმინისტრაცია.

2023 წლის მდგომარეობით, დაცული ტერიტორიების საერთო ფართობი შეადგენს 912 908 ჰექტარს, რაც ქვეყნის ტერიტორიის 13%-ია. აქედან დაცული ტერიტორიების სააგენტოს მართვას დაქვემდებარებულია 100 დაცული ტერიტორია, ხოლო 5 დაცულ ლანდშაფტს მართავს ადგილობრივი მუნიციპალიტეტი.

საქართველოში (IUCN-ის კრიტერიუმების მიხედვით) 6 სხვადასხვა კატეგორიის 100 დაცული ტერიტორიაა, კერძოდ: 14 სახელმწიფო ნაკრძალი, 14 ეროვნული პარკი, 40 ბუნების ძეგლი, 26 აღკვეთილი და 5 დაცული ლანდშაფტი.