სსიპ დაცული ტერიტორიების სააგენტოს საქმიანობის სფეროს წარმოადგენს სახელმწიფო ნაკრძალების, ეროვნული პარკების, ბუნების ძეგლების, აღკვეთილების, დაცული ლანდშაფტების, ბიოსფერული რეზერვატების, მსოფლიო მემკვიდრეობის უბნებისა და საერთაშორისო მნიშვნელობის მქონე ჭარბტენიანი ტერიტორიების სისტემის მართვა. სსიპ დაცული ტერიტორიების სააგენტოს მართვას დაქვემდებარებულია 25 ტერიტორიული ადმინისტრაცია. 2025 წლის მდგომარეობით, დაცული ტერიტორიების ფართობი შეადგენს 927 748 ჰექტარს, რაც საქართველოს ტერიტორიის დაახლოებით 13,3%-ია.

საქართველოში IUCN-ის კრიტერიუმების მიხედვით საქართველოში 6 სხვადასხვა კატეგორიის 100 დაცული ტერიტორიაა, კერძოდ: 14 სახელმწიფო ნაკრძალი, 15 ეროვნული პარკი, 40 ბუნების ძეგლი, 25 აღკვეთილი, 5 დაცული ლანდშაფტი და ერთი მრავალმხრივი გამოყენების ტერიტორია. აქედან დაცული ტერიტორიების სააგენტოს მართვას დაქვემდებარებულია 94 დაცული ტერიტორია, ხოლო დაცული ლანდშაფტებისა და მრავალმხრივი გამოყენების ტერიტორიის მართვაზე პასუხისმგებელია ადგილობრივი მუნიციპალიტეტი.